RAPTOR

Deskripsi

RAPTOR adalah perangkat lunak inovatif yang dirancang untuk prediksi struktur protein yang akurat. Ini menggabungkan alat analisis canggih dalam satu solusi perangkat lunak terintegrasi dan menyediakan tiga metode threading yang berbeda. Pendekatan optimasi pemrograman integer unik RAPTOR paling efektif untuk menemukan templat struktur target dengan homologi urutan rendah dan mampu menghasilkan model berkualitas tinggi. Antarmuka yang mudah digunakan dan nilai E yang mudah dipahami ideal untuk pemula dan ahli. Yang terpenting, tampilan output yang intuitif memungkinkan pengguna untuk memahami hasil hanya dalam sekejap. Diberikan urutan protein target, jika ada protein homolog dengan struktur 3D yang diketahui, itu dapat ditemukan dengan menggunakan alat pencarian urutan seperti PSI-BLAST, juga tersedia di RAPTOR. Struktur target kemudian dibangun dari struktur yang diketahui; Namun, ketika homologi urutan tidak signifikan, yaitu kurang dari 25%, PSI-BLAST tidak dapat menghasilkan hit yang meyakinkan. Tidak seperti PSI-BLAST, yang hanya melakukan pencarian urutan, penguliran protein, pengenalan lipatan, menggunakan informasi homologi dan struktur. Ini memindai urutan protein dengan struktur yang tidak diketahui terhadap database dari struktur yang diketahui. Dengan menggunakan fungsi penilaian dan melakukan analisis kompatibilitas antara struktur tiga dimensi dan sekuens protein linier, template struktural terbaik akan diidentifikasi untuk membangun struktur sekuens. Hasilnya, protein threading memberikan prediksi yang lebih baik daripada pemodelan homologi ketika terdapat homologi urutan marginal.