ZOOM Lite

Deskripsi

ZOOM Lite adalah perangkat lunak pemetaan dan visualisasi data sekuensing generasi berikutnya. Pengguna memasukkan genom referensi dan file bacaan pendek Illumina/Solexa atau ruang warna AB SOLiD membaca file dalam berbagai format, seperti * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta dll. ZOOM mengeluarkan hasil pemetaan pendek ini membaca urutan referensi. ZOOM Lite memiliki kernel pemetaan yang cepat dan akurat berdasarkan desain baru dari teori benih jarak ganda. Pembacaan ujung tunggal dan ujung berpasangan dengan berbagai panjang dari 15bp hingga 240bp dapat ditangani. Sejumlah ketidakcocokan dan satu penyisipan/penghapusan dengan berbagai panjang antara pembacaan dan wilayah targetnya pada urutan referensi diperbolehkan. Hasil yang dipetakan secara unik atau hasil terbaik (N teratas) untuk setiap pembacaan akan dilaporkan sesuai dengan ketidakcocokan minimal dan panjang indel. Skor kualitas digunakan untuk meningkatkan akurasi pemetaan. Berdasarkan kernel pemetaan, ZOOM Lite memungkinkan pengguna untuk memuat data bacaan lokal dan data urutan referensi, memilih parameter yang tepat, memproses data volume tinggi secara paralel di antara hingga empat CPU, memantau tugas yang sedang berjalan, menyimpan hasil pemetaan, melihat grafik hasil pemetaan dan hasil pemetaan keluaran dalam format file * .BED atau * .GFF untuk survei lebih lanjut dengan informasi trek browser UCSC. Hasil pemetaan dapat dilihat dalam skala apa pun yang diinginkan, dari grafik kedalaman baca di seluruh kromosom hingga perataan urutan terperinci antara bacaan dan urutan referensi. Pengguna dengan mudah menavigasi ke wilayah yang diinginkan hanya dengan mengeklik dan menyeret atau menggulir. ZOOM Lite adalah turunan dari perangkat lunak ZOOM Studio.